การกำหนดเป้าหมายยีนเหล่านั้นอย่างแม่นยำบนแท่นขุดเจาะที่ปลอดภัยของจีโนมหรือบริเวณโครโมโซมที่เรารู้ว่าจะไม่ส่งผลกระทบใด ๆ ต่อสิ่งมีชีวิตที่เป็นโฮสต์ สามารถแทรกชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่มีขนาดใหญ่มากอย่างแม่นยำซึ่งไม่มียีนเครื่องหมาย ในทางตรงกันข้ามวิศวกรรมพันธุกรรมแบบดั้งเดิมนั้นอาศัยการรวมยีนของตัวทำเครื่องหมายไว้ในชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่แทรกเข้าไป

ยีนเครื่องหมายเหล่านี้จะถูกเก็บรักษาไว้เมื่อพืชถูกเพาะพันธุ์มาหลายชั่วอายุซึ่งสามารถกระตุ้นให้เกิดความกังวลของประชาชนและกฎระเบียบที่เข้มงวดของผลิตภัณฑ์ดัดแปรพันธุกรรมก่อนเข้าสู่ตลาดการแทรกซึมเป้าหมายก่อนและไม่มียีนเครื่องหมาย แต่เราไม่สามารถทำมันได้ด้วยดีเอ็นเอชิ้นใหญ่เช่นนั้นยิ่งดีเอ็นเอมีขนาดใหญ่ขึ้นฟังก์ชันทางชีวภาพหรือคุณลักษณะที่ซับซ้อนมากขึ้นเท่านั้นที่เราสามารถให้พืชได้การเปิดโอกาสให้ยีนควบคุมลักษณะที่ต้องการได้หลายอย่างเช่นการมีเบต้าแคโรทีนในระดับสูงรวมถึงการต้านทานโรคหรือทนแล้งสามารถรวมตัวกันในตำแหน่งเดียวภายในจีโนม สิ่งนี้สามารถลดความพยายามในการผสมพันธุ์ที่ตามมาอย่างมาก